纽约立体交通体系中很重要的一个环节就是民航。纽约市的空中交通非常发达，是美国唯一一个拥有三个大飞机场的城市。通过这些机场，旅客可飞往全国和世界各地。每年通过纽约市机场飞往各地的旅客超过7500万，其中国内旅客5200万、国外旅客2300万。许多国际航空公司都有班机直飞纽约。国际航线降落的机场除了肯尼迪机场外， 还有纽瓦克机场和拉瓜地机场。

    
    肯尼迪国际机场（John Kennedy International Airport, 简称JFK）：位于纽约市皇后区的东南部，距离曼哈顿24公里。是纽约市和新泽西地区最大的飞机场，也是美国东海岸最重要的国际机场。十多年前，国际旅行的旅客有98.5％在肯尼迪机场上下飞机。现在在该机场起降飞机多数（76.6%）也是国际航班，少数为国内航班。

    
    肯尼迪机场规模宏大、设备先进。在业务最繁忙的时候，平均半分钟就有一架飞机起降。各大航空公司的建筑物位于机场周围地区；汽车可开到每个航空公司的候机大厅。

    
    肯尼迪机场的吞吐量占全美国30％以上的国际客运和50％以上的进出口货运。

    
    面对位于新泽西州的纽瓦克机场的竞争，纽约市市政当局正筹措资金，改进肯尼迪机场的设备以及服务，以便巩固肯尼迪机场在美国国际航空业务中所占据的龙头老大地位。目前一项开支大30多亿美元的改建计划正在实施。要重新改造两个候机楼和建立一条铁路线以连接机场和曼哈顿之间的交通联系、减缓交通拥堵。按照这项改建计划，一座新的、耗资达10亿美元的国际航班抵达大楼将建立。一座新的航空控制塔已经完工。该塔耗资6300万元，建成后改建了肯尼迪机场的雷达导航系统，增加了测风、测速系统和预警系统，这些系统能够帮助飞机在气候条件差的情况下安全起降。2001年，肯尼迪机场的另外两项工程也要完工，一条耗资5.4亿美元的长32英里的机场通道允许更多的车辆通过，使驾车人能直接将车驶往机场大楼。最后，投资10亿美元的铁路系统能使乘客自由往来于曼哈顿、机场和长岛。机场内的航空终点站也将由铁路相连。

    
    拉瓜地机场（La guardia Airport, LGA）：拉瓜地机场位于曼哈顿以东13公里，长岛北部的皇后区，规模较小，主要起降国内航线的飞机，以国内商务旅行的乘客为主。从北京飞往纽约的西北航空公司的航班起降均在拉瓜地机场。拉瓜地机场国际旅客在三大机场中的比例为5.8％。

     
    纽瓦克机场（Newark Airport）：位于新泽西州，距离曼哈顿西南方26公里；是纽约的第二大国际机场。该机场分为A、B、C三个区，国际航班都降落在B区，其他两区为国内航班使用。纽瓦克机场近年来开拓业务，从肯尼迪机场拉走不少业务。现在其接送的国际旅客在三个机场中的比例增加到了17.5%。

    
    纽约市的三个机场的误机率在美国55个最繁忙的机场中均排在前10名。纽瓦克机场的误机率名列榜首。